Bệnh Viện Nhi Đồng 1 là bệnh viện chuyên khoa nhi, được xây dựng năm 1954 và chính thức hoạt động vào tháng 10 năm 1956 với 268 giường bệnh nội trú. Đến nay, bệnh viện đã mở rộng quy mô với 1.400 giường nội trú, hơn 1.600 nhân viên, trên 1,5 triệu lượt khám và 95.000 lượt điều trị nội trú hàng năm. Bệnh viện được xếp hạng là bệnh viện chuyên khoa nhi hạng 1, tuyến cuối về nhi khoa, tiếp nhận điều trị tất cả các trẻ bệnh từ mới sinh đến 15 tuổi ở TPHCM và các tỉnh.
Ngoài ra, bệnh viện còn là trung tâm đào tạo thực hành cho Đại học Y Dược TPHCM, Đại học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch, Khoa Y - Đại học Quốc Gia TPHCM; nơi tiếp nhận sinh viên quốc tế đến tham quan, học tập chuyên ngành nhi khoa. Bệnh viện cũng là một trung tâm hợp tác nghiên cứu lâm sàng về nhi khoa với các viện, bệnh viện đầu ngành trong cả nước, Tổ chức Y tế Thế giới, các đại học và viện nghiên cứu của các nước phát triển (NIH - Mỹ, NHRI - Đài Loan, Australia, Pháp,…).
Mục tiêu của bệnh viện là đáp ứng yêu cầu khám chữa bệnh của trẻ em trong môi trường an toàn và thân thiện, với chất lượng chăm sóc cao và đội ngũ nhân viên nhiệt tình, năng động có trình độ chuyên môn tương xứng với một bệnh viện chuyên khoa nhi đầu ngành của khu vực phía Nam.Được xây dựng trên khu  đất địa chỉ số 2 đường Sư Vạn Hạnh, phía đông giáp đường Sư Vạn Hạnh, phía nam giáp đường Lý Thái Tổ, phía bắc giáp đường Trần Quốc Toản (nay là đường 3 tháng 2), phía tây giáp một cơ sở quân sự, diện tích chung là 15.473 m2, khởi công từ ngày 22 tháng 02 năm 1954 và đưa vào sử dụng với tên gọi là Bệnh viện Nhi Đồng vào cuối tháng 10 năm 1956, với cơ sở trang bị phục vụ cho 268 giường bệnh gồm: một khu khám ngoại trú, một toà nhà 3 tầng lầu (thuộc khu AB hiện tại) là khu nội trú, 2 toà nhà 2 tầng làm cư xá cho nữ tu sĩ và nữ y tá độc thân, 2 toà nhà 2 tầng lầu làm cư xá cho bác sĩ Giám đốc, các bác sĩ thường trú và nhân viên quản lý bệnh viện.
Đến năm 1966, bệnh viện phát triển thêm một toà nhà 3 tầng lầu chia ra làm 6 trại bệnh với 162 giường (thuộc khu CD hiện tại) bổ sung vào khu điều trị nội trú. Một số cơ sở khác cũng được khởi công xây cất: nhà tiền chế làm phòng Vật lý trị liệu, khu vệ sinh công cộng và một toà nhà một tầng lầu nối khu nhà AB và khu nhà CD sử dụng cho khoa Bào chế dược, X quang và Xét nghiệm. Năm 1967, xây thêm một nhà giữ trẻ em lành mạnh. Đầu năm 1975, Quỹ Nhi đồng Liên Hiệp quốc viện trợ thiết lập một trung tâm tiếp nhận thiếu nhi bất túc, trang bị 27 giường, nâng tổng số giường bệnh lên 457 giường gồm 268 giường miễn phí, 162 giường thu phí và 27 giường thiếu nhi “bất túc”.
Trước 30/04/1975,
 Bệnh viện Nhi Đồng là bệnh viện chuyên khoa Nhi duy nhất cho cả miền Nam điều trị cho bệnh nhi từ sơ sinh đến 12 tuổi về nội, ngoại khoa và các chuyên khoa khác của nhi. Bệnh viện còn là nơi giảng dạy cho sinh viên y khoa, học viên của trường Quản lý, thủ thư bệnh viện, cán sự y tế, cán sự điều dưỡng, Nữ hộ sinh, Tá viên y tế các ngành. Cơ cấu tổ chức nội bộ lúc đó như sau: Đây là giai đoạn bệnh viện gặp rất nhiều khó khăn, nhưng với sự chỉ đạo của Sở Y tế, sự quan tâm của Uỷ Ban Nhân Dân Thành phố cùng các ban ngành đoàn thể, lãnh đạo bệnh viện đã nhanh chóng ổn định tổ chức, thành lập các phòng ban, nâng cấp cơ sở vật chất, chăm lo đời sống cho cán bộ công nhân viên đưa bệnh viện đi vào hoạt động ổn định.
 Sau ngày miền Nam được hoàn toàn giải phóng, 
Bệnh viện Nhi Đồng được Bộ Y tế, Xã hội và Thương binh tiếp quản với số nhân viên là 469 người. Đến tháng 10/1975, Bộ Y tế Xã hội và Thương binh cử Ban lãnh đạo bệnh viện gồm Trưởng ban là BS Lê Thị Xuân Mai, các Phó Trưởng ban là: BS Lê Văn Tú, BS Trương Thị Châu, BS Trần Tấn Trâm. Tháng 12/1975, Bộ Y tế, Xã hội và Thương binh ra Quyết định số 40/YTXHTB-TC ngày 23/12/1975 phân cấp
 Bệnh viện Nhi Đồng cho Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh quản lý. Vào tháng 6 năm 1978, BS  Nguyễn Thị Ngọc Anh được cử làm Phó Trưởng ban thay thế BS Trương Thị Châu đi nhận nhiệm vụ mới.
Trong giai đoạn này, để thực hiện 7 chức năng nhiệm vụ theo Quy chế bệnh viện do Bộ Y tế ban hành (Cấp cứu – khám bệnh – chữa bệnh, Đào tạo cán bộ y tế, Nghiên cứu khoa học về y học, Chỉ đạo tuyến dưới về chuyên môn kỹ thuật, Hợp tác quốc tế, Quản lý kinh tế trong Bệnh viện), Bệnh viện thành lập đầy đủ các phòng chức năng theo quy định là: Phòng Kế hoạch Tổng hợp, Phòng Điều dưỡng, Phòng Chỉ đạo tuyến, Phòng Vật tư – Trang thiết bị y tế, Phòng Hành chánh Quản trị, Phòng Tổ chức Cán bộ và Phòng Tài chính Kế toán.
Về công tác quản lý chuyên môn, bệnh viện tập trung vào mục tiêu phát triển nhi khoa chất lượng,  nghiên cứu và triển khai nhiều hoạt động mới hướng đến cải tiến chất lượng chăm sóc, đổi mới công nghệ, phát triển nhiều kỹ thuật cao làm nền tảng cho phát triển chuyên sâu. Bệnh viện thành lập nhiều khoa mới: khánh thành “Bệnh viện trong ngày” (1997), thành lập khoa Hồi sức Sơ sinh, Đơn vị tâm lý, Đơn vị Thính học và phát triển mở rộng khoa Dinh dưỡng, khoa Vật lý trị liệu – Phục hồi chức năng. Mạng máy tính bệnh viện đầu tiên của cả nước được xây dựng cuối năm 1994 và đi vào hoạt động, được các đơn vị y tế trong cả nước tham quan học tập, đưa Công nghệ thông tin ứng dụng vào công tác quản lý bệnh viện. Đồng thời, bệnh viện cũng áp dụng y học chứng cứ vào công tác điều trị và chăm sóc; triển khai chương trình kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện, chương trình quản lý chất lượng theo hướng ISO; đẩy mạnh chỉ đạo hỗ trợ tuyến và hợp tác quốc tế.
Về kỹ thuật: phát triển phẫu thuật (sơ sinh, dị tật đường tiêu hóa - đường tiết niệu, cắt gan, sử dụng Laser,…); bước đầu triển khai nội soi (tai mũi họng, tiêu hóa, ngoại khoa) và các kỹ thuật khác như: sinh thiết thận, điều trị Surfactant, laser quang đông bệnh lý võng mạc ở trẻ sinh non (ROP).
Về xét nghiệm cận lâm sàng: triển khai kỹ thuật ELISA (1995), phân lập định danh vi khuẩn (1996), kỹ thuật PCR (1998), hóa mô chẩn đoán (2002). Có như ngày hôm nay là nhờ sự chỉ đạo về chuyên môn của Sở Y tế, Bộ Y tế; sự quan tâm của Uỷ ban Nhân dân Thành phố, sự hỗ trợ của các ngành các cấp tạo điều kiện thuận lợi cho Bệnh viện trên mọi lĩnh vực.
Sự phát triển Bệnh viện là sự nghiệp của cả tập thể, dưới sự lãnh đạo của Đảng uỷ và Ban Giám Đốc bệnh viện, phối hợp tốt mô hình làm việc theo nhóm liên khoa – phòng, giữ gìn truyền thống đoàn kết, quyết tâm vượt khó của cán bộ nhân viên. Đó là những nhân tố quan trọng dẫn đến sự thành công của Bệnh viện Nhi Đồng 1 ngày nay.
Với mục tiêu hướng về cộng đồng, thực hiện các chương trình hợp tác quốc tế hiệu quả, phát triển mạnh các chuyên khoa sâu, xã hội hóa tốt công tác chăm lo cho bệnh nhân nghèo, giữ vững công bằng y tế trong bệnh viện, tích cực hỗ trợ mạng lưới nhi khoa tuyến trước, trên nền tảng phát triển liên tục và bền vững vì các thế hệ tương lai đất nước, Bệnh viện Nhi Đồng 1 quyết tâm thực hiện các hướng đi đúng đắn, phù hợp với chiến lược sức khỏe trẻ em của Tổ chức Y tế thế giới, chiến lược sức khỏe quốc gia trong giai đoạn công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.